Proteinová biochemie a proteomika
- Vedoucí výzkumného programu: prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.
Bioenergetika rostlin
- Vedoucí výzkumného programu: prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D.
Chemická biologie
- Vedoucí výzkumného programu: prof. Ing. Miroslav Strnad, CSc., DSc.
Rostlinné biotechnologie
- Vedoucí výzkumného programu: doc. Mgr. Petr Galuszka, Ph.D.
Buněčná a vývojová biologie rostlin
- Vedoucí výzkumného programu: prof. RNDr. Jozef Šamaj, DrSc.
Genetika a genomika rostlin
- Vedoucí výzkumného programu: prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc.
Metabolomika
- Vedoucí výzkumného programu: Mgr. Ondřej Novák, Ph.D.
Genetické zdroje zelenin a speciálních plodin
- Vedoucí výzkumného programu: Ing. Karel Dušek, CSc.
